淘宝店铺被盗用后扣除违约金，应先核实侵权情况。依据《淘宝平台争议处理规则》，违规会扣违约金，严重时影响店铺信誉和运营。不及时处理可能导致店铺被封禁，损失扩大。
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处理淘宝店铺被盗扣违约金，常见方式有申诉、协商和缴纳。建议先申诉证明清白，不成功再与平台协商，最后按时缴纳违约金，以最小化损失。
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店铺被盗扣违约金，先申诉。具体操作：收集证据，向淘宝平台提交申诉材料，证明店铺被盗用。若申诉失败，与平台协商减免或分期。同时，及时缴纳违约金，避免进一步损失。